Tối 12/1, khi đang làm việc tại nhà, Vũ Thạch thấy choáng và tê tay chân, được gia đình đưa vào cấp cứu tại bệnh viện đa khoa Sài Gòn. Anh được chụp CT não, phát hiện xuất huyết não nên được chuyển cấp cứu trong đêm sang bệnh viện Nhân dân Gia Định. Sau đó, được điều trị tại khoa Nội thần kinh của bệnh viện. Các y bác sĩ tại bệnh viện đã tích cực điều trị, tuy nhiên không có chuyển biến tích cực, anh qua đời vào sáng ngày 14/1.
Sự ra đi đột ngột của nhà báo Huỳnh Vũ Thạch là mất mát lớn của gia đình, người thân, bạn bè và của cả Truyền hình Quốc hội Việt Nam.
Tạm biệt anh, một người đồng nghiệp chan hoà; một nhà báo giỏi, nhiệt huyết; một mảnh ghép của Truyền hình Quốc hội Việt Nam.
Lễ viếng nhà báo Huỳnh Vũ Thạch bắt đầu từ 18 giờ ngày 14/1 tại Nhà tang lễ Bộ Quốc Phòng (Bệnh viện Quân Y 175) ở Gò Vấp, TP.HCM. Sau đó, linh cữu của nhà báo Huỳnh Vũ Thạch sẽ được an táng tại Hoa viên nghĩa trang Bình Dương vào ngày 16/1.